阿利新蓝是一种阳离子染料，它与酸性基团形成盐后，可以使胞质中的酸性粘多糖染成蓝色，定位于胞质内。具体来说，阿利新蓝与组织内含有的阴离子基团如羧基和硫酸根的酸性粘液物质形成不溶性复合物。在不同的pH值下，阿利新蓝可以区分不同类型的粘液物质。例如，在pH值为2.5时，组织内的羧基电离，带有一个负电荷，与阿利新蓝中的阳离子形成盐键，使带有羧基的组织（如蛋白多糖/透明质酸以及上皮酸性黏蛋白）染色。而在pH值为1.0时，组织内的硫酸根电离，带有一个负电荷，与阿利新蓝中的阳离子形成盐键，使带有硫酸根的组织（如硫酸黏液物质）染色。中性黏蛋白（如胃黏膜和Brunner腺体部位的中性黏蛋白）不能与阿利新蓝反应。